Авторы проанализировали предопределённую панель из 14 генов метаболизма серы в когортах аденокарцином толстой и прямой кишки TCGA (TCGA-COAD/READ) и шести независимых валидационных когортах на платформе HG-U133 (n=1337 опухолей). Аналитический конвейер включал сравнение дифференциальной экспрессии опухоли vs прилежащей нормальной слизистой, моделирование ассоциаций с consensus molecular subtypes (CMS), мета-анализ случайных эффектов, поправку на три независимых оценки чистоты опухоли (ESTIMATE, consensus purity estimates, ABSOLUTE), одноклеточную деконволюцию и направленный терапевтический скрининг.
Опухоли колоректального рака демонстрировали координированное снижение экспрессии генов окисления и клиренса серы (SQOR, ETHE1, TST) и генов катаболизма цистеина (CDO1, CTH), при селективной активации SLC7A11 и AHCY; экспрессия CBS значимо не менялась. Композитный балл программы различался между CMS-подтипами и был стабильно ниже в мезенхимальных CMS4-опухолях по сравнению с не-CMS4 во всех исследуемых и валидационных сериях. Эта ассоциация оставалась статистически значимой после поправки на три глобальные метрики чистоты опухоли.
Балл программы не показал статистически значимой независимой ассоциации с общей выживаемостью, выживаемостью без рецидива или без прогрессирования. Одноклеточная деконволюция подтвердила экспрессию в эпителиальном, стромальном и иммунном компартментах с независимой верификацией в кросс-атласе. Направленный терапевтический скрининг приоритизировал ингибирование SLC7A11/xCT как кандидата для доклинического тестирования.
Транскрипционная архитектура метаболизма серы воспроизводимо связана с молекулярной таксономией колоректального рака и не полностью объясняется вариацией измеренной чистоты опухоли, что формирует вычислительный каркас для будущих функциональных и компартмент-разрешённых исследований метаболизма серы в стратифицированных популяциях КРР.