Рак желудка остаётся одной из ведущих причин онкологической смертности. Helicobacter pylori — признанный этиологический фактор канцерогенеза желудка, влияющий на иммунное микроокружение опухоли. Исследователи использовали данные секвенирования единичных клеток (GSE234129) для сравнения образцов с различным H. pylori-статусом и формирования исходного набора генов-кандидатов. Восьмигенная прогностическая сигнатура была разработана на когорте TCGA-STAD и валидирована на независимых когортах рака желудка из баз GEO. Для оценки переобучения модели применён 1000 полноциклических бутстрэп-ресэмплов. Иммунные характеристики оценивались с помощью CIBERSORT, ESTIMATE, TIDE и immunophenoscore; ответ на анти-PD-1 терапию анализировался в когорте PRJEB25780. Экспрессия RGS1 дополнительно исследована иммуногистохимически в независимой когорте.

Предварительный анализ на уровне единичных клеток выявил различия в составе иммунных клеток, состояниях Т-клеток и путях презентации антигена в зависимости от H. pylori-статуса. Восьмигенная сигнатура стратифицировала общую выживаемость в TCGA-STAD и двух независимых GEO-когортах. После полноциклической бутстрэп-коррекции дискриминационная способность модели оказалась умеренной (скорректированный C-индекс = 0.575). Добавление восьмигенного скора к клинико-патологической модели улучшило прогностическую дискриминацию в TCGA-STAD.

Опухоли высокого риска характеризовались особыми стромальными, геномными и иммунными признаками: повышенной стромальной активностью, более низкой мутационной нагрузкой опухоли и различиями в компьютерно-предсказанных иммунных профилях. На тканевом уровне экспрессия RGS1 коррелировала с выживаемостью и отдельными иммунными признаками.

В иммуногистохимической когорте высокая экспрессия RGS1 осталась независимо ассоциирована с более низкой общей выживаемостью после многофакторной корректировки (HR = 2.36, 95% CI 1.36–4.10, p = 0.002) и сопровождалась снижением плотности CD8-позитивных клеток, повышением плотности CD163-позитивных и FOXP3-позитивных клеток. В независимой когорте GSE62254 с аннотацией по H. pylori пять нерибосомных компонентов сигнатуры показали номинальное обогащение на уровне генного набора в H. pylori-позитивных опухолях (CAMERA P = 0.044).

Авторы подчёркивают, что находки, связанные с H. pylori, носят эксплораторный характер и не устанавливают специфичность финальной модели к данной инфекции. Учитывая умеренную скорректированную эффективность, требуется проспективная валидация сигнатуры.