Исследователи повторно проанализировали RNA-seq данные из клеток нейробластомы BE(2)-C с нокдауном IGF2BP1 (три образца с подавлением экспрессии и три контрольных). IGF2BP1 — онкофетальный РНК-связывающий белок с онкогенными функциями при нейробластоме. Цель работы — выяснить, связано ли подавление IGF2BP1 с изменениями альтернативного сплайсинга (AS) генов транскрипционных факторов (TF).
Идентифицировали дифференциально экспрессируемые гены (DEG) и события альтернативного сплайсинга (ASE), провели GO/KEGG обогащение. Гены с дифференциальным сплайсингом пересекли со списком человеческих транскрипционных факторов. Изоформ-специфичную qRT-PCR выполнили для валидации изменений PSI (percent spliced in). RIP-qPCR использовали для тестирования связывания IGF2BP1 с мРНК-кандидатами. Данные ENCODE eCLIP-seq из клеток HepG2 и K562 анализировали как косвенное подтверждение.
Выявлено 807 дифференциально экспрессируемых генов и 3053 значимых события альтернативного сплайсинга. Среди генов со значимыми изменениями сплайсинга 64 аннотированы как транскрипционные факторы; 20 событий сплайсинга, соответствующих 18 генам, прошли строгую фильтрацию.
Независимая qRT-PCR валидировала изменения PSI для LMO4 (альтернативный 5'-сайт сплайсинга), TCF7L2 (кассетный экзон) и EHMT2 (пропуск экзона), что коррелировало с предсказаниями RNA-seq. RIP-qPCR подтвердил связывание IGF2BP1 с мРНК LMO4, TCF7L2 и EHMT2 в клетках, но не с NCOR2. Данные eCLIP-seq из не-нейробластомных клеточных линий предоставили косвенные подтверждающие доказательства.
Нокдаун IGF2BP1 ассоциирован с широкими изменениями альтернативного сплайсинга генов транскрипционных факторов в клетках нейробластомы. IGF2BP1 связывается с мРНК LMO4, TCF7L2 и EHMT2. Результаты предоставляют корреляционный ресурс и гипотезы для будущих механистических исследований; прямая причинно-следственная связь требует подтверждения.