Лимфома Беркитта (BL) — агрессивная опухоль из В-клеток зародышевого центра (gcBC), обусловленная дерегуляцией MYC и кооперирующими молекулярными альтерациями. Мышиная модель с конститутивной активностью MYC и PI3K в gcBC воспроизводит ключевые характеристики BL человека, однако эпигенетическое сходство с заболеванием человека ранее детально не исследовалось.
В исследовании сравнили профили метилирования ДНК 37 образцов спорадической EBV-негативной BL человека и 20 контрольных gcBC с 8 мышиными опухолями модели MYC/PI3K и 11 контрольными мышиными gcBC с использованием Illumina-массивов. BL продемонстрировала глобальную гипометиляцию ДНК в обоих видах и отчётливые профили метилирования по сравнению с gcBC. Гипометилированные CpG в BL были обогащены в энхансерах, тогда как гиперметилированные CpG значительно обогащены в poised-промоторах.
Идентифицированы 695 генов с общей гиперметиляцией и 512 генов с общей гипометиляцией между BL человека и мыши. При ограничении анализа регуляторными областями выявлены 86 генов, консервативно гипометилированных в обоих видах. Эти гены значимо обогащены для регуляции внутриклеточной сигнальной трансдукции и сфинголипидной передачи сигналов.
В консервативный набор вошли регуляторы GTPase- и киназной сигнализации: GNA13, RASA3, RASAL1, SPRED2, PIK3R2, PRKCA, PRKCE и FYN. Также включены гены с установленной ролью в биологии В-клеток зародышевого центра: FOXO1, BACH2 и NR3C1.
BL человека и мыши имеют общие консервативные паттерны регуляторного метилирования ДНК, что подтверждает релевантность мышиной модели MYC/PI3K как системы для изучения эпигенетических механизмов лимфомы Беркитта.