Хотя эффективность Pei Yuan Yi Fei Decoction (PYYFD) — традиционного китайского растительного сбора — при немелкоклеточном раке лёгкого (НМРЛ) продемонстрирована, молекулярные механизмы остаются неясными. Авторы применили методы сетевой фармакологии и экспериментальную валидацию для поиска терапевтических мишеней и прогностических генов.
Из баз TCMSP, GeneCards и OMIM извлечены активные соединения PYYFD и их гены-мишени, пересечение с дифференциально экспрессируемыми генами (DEG) из транскриптомных данных дало 95 кандидатных терапевтических мишеней. Однофакторный Cox-регрессионный анализ и LASSO-Cox выделили 8 прогностических генов: CDC25C, GSTM2, BIRC5, EPHB2, NUF2, COL1A1, ADH1C и ACHE. Построенная прогностическая модель показала умеренную предсказательную способность (AUC >0,6) во внутренней и внешних когортах (GSE31210, GSE42127).
Однофакторный RNA-seq анализ показал, что COL1A1 специфично и высоко экспрессируется в фибробластах. Молекулярный докинг предсказал взаимодействие кверцетина с COL1A1 с энергией связывания ~−9 ккал/моль.
RT-qPCR и вестерн-блоттинг на клетках PC-9 после обработки PYYFD показали значимое изменение экспрессии всех 8 прогностических генов. CCK-8 тест подтвердил, что PYYFD значимо снижает жизнеспособность клеток PC-9.
Идентифицированы 95 потенциальных терапевтических мишеней и 8 прогностических генов, связанных с действием PYYFD при НМРЛ. Результаты обосновывают дальнейшее изучение механизмов традиционной китайской медицины при раке лёгкого.