Плоскоклеточный рак полости рта (OSCC) остается серьезной клинической проблемой из-за поздней диагностики и отсутствия валидированных неинвазивных биомаркеров. Исследователи из Frontiers in Oncology применили интегративный геномный подход, объединив полногеномное профилирование метилирования ДНК и транскриптомный анализ для выявления клинически значимых эпигенетических маркеров.

Геномный скрининг идентифицировал 661 гиперэкспрессированный и 577 гипоэкспрессированных генов, а также 2 431 дифференциально метилированный регион, соответствующий 1 776 генам. Интегративный анализ сформировал панель из 51 кандидатного гена, среди которых EPHA5 был приоритизирован на основании метилирования промотора, изменений экспрессии, обогащения сигнальных путей и биологической релевантности.

Гиперметилирование промотора EPHA5 выявлено у 66,7% пациентов с OSCC в опухолевой ткани. Одновременное гиперметилирование и снижение экспрессии наблюдались в 28,6% опухолей. Метилирование также детектировалось в 54,5% предраковых поражений полости рта (OPML) и в слюне 47,6% пациентов с OSCC, но редко встречалось у здоровых контролей.

Диагностическая точность метилирования EPHA5 в опухолевой ткани для различения OSCC и здоровых контролей составила AUC = 0,780 (p = 0,004) с чувствительностью 71,4% и специфичностью 75%. Метилирование в слюне также значимо дискриминировало OSCC от здоровых (AUC = 0,717, p = 0,025; чувствительность 52,4%, специфичность 87,5%), в то время как сывороточное метилирование не показало диагностической значимости (AUC = 0,571, p = 0,462).

Различение между OSCC и OPML оказалось ограниченным и не достигло статистической значимости (опухоль: AUC = 0,662, p = 0,068; слюна: AUC = 0,600, p = 0,264). Это указывает на недостаточную специфичность EPHA5 как монобиомаркера для дифференциации рака от предраковых состояний.

Авторы заключают, что частое опухолевое гиперметилирование и детекция метилирования в слюне поддерживают дальнейшую оценку EPHA5 как кандидата в неинвазивные биомаркеры OSCC. Однако умеренная диагностическая эффективность, ограниченная дискриминация между раком и предраком, а также отсутствие внешней валидации требуют проведения крупных проспективных исследований и оценки в составе мультимаркерных метилирующих панелей перед клинической имплементацией.