Дифференциальная диагностика ранней меланомы от пограничных, атипичных или биологически промежуточных меланоцитарных поражений остаётся одной из наиболее значимых и актуальных задач в дерматоонкологии, поскольку меланома вызывает почти 95% смертей от рака кожи. В обзоре установлена биологическая релевантность и оценена клиническая зрелость масс-спектрометрической протеомики, с особым акцентом на пространственно-разрешённые подходы, как мощной стратегии для устранения этого критического диагностического пробела.

Пространственная протеомика позиционируется в более широком ландшафте молекулярной диагностики на основе ДНК, РНК и белков для оценки функциональных проявлений. Геномные и транскриптомные методы предлагают стандартизированные высокопроизводительные рабочие процессы, но дают ограниченное понимание опухолевого микроокружения и функциональной биологии на уровне белков.

Лазерная микродиссекция с масс-спектрометрией (LCM-MS), масс-спектрометрическая визуализация и Deep Visual Proteomics сохраняют пространственное разрешение и разрешение на уровне отдельных клеток. Однако экспрессия белков по своей природе пластична, формируется микроокружением, обработкой ткани и техническими артефактами. Ни одно из существующих исследований не было специально спланировано для диагностически неопределённых категорий, где клиническая потребность наиболее высока.

Разрешённые по компартментам профили «митохондриально высокие» и состояния микроокружения «иммунно низкие» — данные, в значительной степени экстраполированные из биологии прогрессии и метастазирования — могут информировать будущую стратификацию риска.

Пространственная протеомика представляет собой биологически перспективное, но пока клинически не валидированное расширение морфологической диагностики меланомы, с потенциалом разрешения функциональных состояний внутри аннотированных опухолевых компартментов. В интеграции с AI-управляемой аннотацией тканей, масс-спектрометрия с разрешением по компартментам и пространственное протеомное профилирование могут, после проспективной валидации, помочь улучшить разграничение между пограничными меланоцитарными поражениями и меланомой, одновременно уточняя стратификацию риска пациентов.