Хотя иммунная активация может происходить как при папиллярном раке щитовидной железы (TC), так и при узловом зобе (NG), транскрипционные программы, отличающие злокачественную ткань от доброкачественной иммунообогащённой ткани щитовидной железы, остаются малоизученными. В пилотном исследовании выполнено объёмное RNA-секвенирование 19 образцов (10 TC, 9 NG) с последующей классификацией на четыре подгруппы опухолевого микроокружения (TME).

Иммунная декомпозиция показала, что иммунообогащённые TC-опухоли характеризовались накоплением опухоль-ассоциированных фибробластов (CAF), а не преобладающей лимфоцитарной инфильтрацией. Дифференциальный анализ экспрессии выявил только 9 генов, отличающих иммунообогащённую TC от иммунообогащённой NG-ткани, что указывает на транскриптомное сходство между злокачественными и доброкачественными иммуноактивированными состояниями в этой небольшой когорте.

Для идентификации опухоль-ассоциированных стромальных программ авторы выявили гены, общие для сравнений иммунообогащённых и иммунодеплетированных образцов в папиллярном TC и узловом зобе. Это позволило определить 441-генную кандидатную опухоль-ассоциированную стромальную программу, обогащённую для организации внеклеточного матрикса, содержащего коллаген, и TGFβ-ассоциированных путей ремоделирования ECM, что подтверждено WGCNA- и белок-белковым взаимодействием.

В когорте из 456 карцином TCGA-THCA стромальное обогащение коррелировало обратно с дифференцировкой щитовидной железы и было наиболее выраженным в BRAF-подобных опухолях и в гистологическом варианте высококлеточного типа.

Полученные данные свидетельствуют, что транскриптомная конвергенция в значительной степени отражает общие воспалительные программы, тогда как ремоделирование стромы идентифицирует кандидатную опухоль-ассоциированную стромальную программу.