Метаанализ трёх независимых баз данных микрочипирования выявил 33 общих для Ph-негативных МПН дифференциально экспрессируемых гена и специфические генные профили для ЭТ (7 генов), ИП (204 гена) и ПМФ (1806 генов). Уровень экспрессии гена PIM1 значимо различался в последовательности контроль → ЭТ → ИП → ПМФ, подтверждая концепцию биологического континуума.

Разработана платформа EXPRESSO для предсказания ответа на терапию по пре-терапевтическому транскриптому. Модель обучена на 5675 пациентах с 9 типами рака и 6 видами терапии, превосходит 20 опубликованных сигнатур и валидирована проспективно на 22 независимых когортах.

Транскриптомный анализ 285 образцов из исследования Lung ART показал, что чистота опухоли (доля злокачественных клеток в образце) является независимым прогностическим фактором при резектабельном НМРЛ стадии IIIA-N2. Низкая чистота опухоли ассоциирована с лучшей общей выживаемостью и может предсказывать большую эффективность послеоперационной лучевой терапии.

Разработан и валидирован вычислительный алгоритм BRIDGE для прогнозирования патологического полного ответа на неоадъювантную терапию рака молочной железы с использованием данных транскриптомики и гистологических препаратов.

Анализ изменений экспрессии генов в динамике лечения показал, что базальные характеристики опухоли и раннее иммунное ремоделирование микроокружения дают комплементарную информацию для прогнозирования ответа на химиоиммунотерапию у пациенток с ТНРМЖ

Полнотранскриптомное секвенирование выявило активацию онкогенных, метаболических и иммунных сигнальных путей при прогрессировании раннего рака шейки матки. ITGA6 определен как потенциальный прогностический маркер заболевания.