Геномная нестабильность проявляется двумя путями — мутационным и хромосомным — с противоположным влиянием на противоопухолевый иммунитет. Гипермутированные опухоли генерируют неоантигены и отвечают на иммунотерапию, тогда как хромосомная нестабильность вызывает хроническую активацию врождённого иммунитета и иммуносупрессию через дисфункцию миелоидных клеток и Т-лимфоцитов.

Систематический обзор и мета-анализ показал, что предшествующие аутоиммунные заболевания ассоциированы с повышенным риском иммуноопосредованных нежелательных явлений любой степени (RR 1.34, 95% CI 1.13-1.60) при терапии ингибиторами контрольных точек, но не влияют на риск тяжелых осложнений.