Эпителиальные раки яичников (EOC) включают биологически различные гистотипы — светлоклеточный (CCOC), эндометриоидный (ENOC) и высокодифференцированный серозный (HGSC), — возникающие в общих анатомических нишах, где взаимодействия опухоль–строма определяют поведение опухоли и ответ на терапию. Однако большинство классификаций основано на bulk-профилировании, смешивающем эпителиальные и стромальные сигналы, что ограничивает понимание взаимодействий между компартментами.
Исследователи провели компартмент-специфическое транскриптомное и эпигеномное профилирование парных образцов карциномы и стромы при CCOC, ENOC и HGSC. Профили карциномы чётко разделились по гистотипам, тогда как стромальные профили показали минимальную гистотип-специфичность и сформировали четыре общих группы (S1–S4).
Подтип S4, характеризующийся десмопластической миофибробласт-богатой программой, был обогащён в опухолях большого сальника и соответствовал сигнатуре C1/Mesenchymal при HGSC. Этот подтип в значительной степени отражал опухоль-экзогенные программы и присутствовал за пределами HGSC.
Компартмент-специфический анализ также уточнил интерпретацию других молекулярных подтипов карциномы и выявил различные карцинома-интринсивные EMT-подобные программы.
Работа определяет гистотип-независимую стромальную архитектуру эпителиальных раков яичников, уточняет клеточную основу канонических молекулярных подтипов высокодифференцированного серозного рака и выявляет карцинома-интринсивные EMT-программы. Исследование подчёркивает ценность физического разделения эпителиального и стромального компартментов перед молекулярным анализом и позиционирует полученный датасет как многоцелевой справочный ресурс для научного сообщества, изучающего рак яичников.