Исследование 100 пациентов с HPV-позитивной орофарингеальной плоскоклеточной карциномой (OPSCC) показало, что геномная архитектура HPV16 определяет клинически различающиеся подгруппы. В подлинии HPV16_A1 опухоли со строго эписомальными вирусными геномами демонстрировали отсутствие прогрессирования заболевания, в то время как опухоли с интеграцией вируса в геном хозяина и/или структурными вариантами имели 23,1% кумулятивную частоту прогрессирования через 60 месяцев.

Образцы опухолей от 100 пациентов с p16-позитивной и HPV DNA-позитивной OPSCC из двух независимых когорт были проанализированы с использованием таргетного вирусного секвенирования. HPV16 был обнаружен в 94 опухолях, из которых 83 принадлежали к подлинии HPV16_A1.

Исследователи провели комплексную характеристику:

• Вирусного генотипа и подлинии
• Однонуклеотидных вариаций
• Сайтов интеграции вирус-хозяин
• Вирусных структурных вариантов (SV)
• Клональности и числа копий вируса

В подгруппе HPV16_A1 выявлены две клинически различающиеся категории:

Низкий риск - строго эписомальные геномы:

• 20 опухолей с эписомальными вирусными геномами
• 0 случаев прогрессирования в течение 60 месяцев
• Представляют "дикий тип" вирусной архитектуры

Высокий риск - интегрированные геномы:

• 63 опухоли с интеграцией и/или структурными вариантами
• 12 случаев прогрессирования
• 23,1% кумулятивная частота прогрессирования через 60 месяцев

Анализ сайтов интеграции показал их обогащение в областях открытого хроматина и промоторных регионах. Интеграция преимущественно происходила в вирусных генах E2 и E4, что может нарушать регуляцию вирусной репликации и онкогенную активность.

Ранее описанные высокорисковые однонуклеотидные варианты и новый вариант в upstream регуляторной области были ассоциированы с худшей выживаемостью без прогрессирования (PFS).

Полученные данные демонстрируют, что комплексное вирусное геномное профилирование может уточнить прогностическую классификацию HPV-позитивной OPSCC. Это особенно важно для подгруппы пациентов, у которых развивается рецидив заболевания, несмотря на в целом благоприятные исходы HPV-позитивных опухолей.

Выявление строго эписомальных HPV16_A1 геномов может идентифицировать пациентов с очень низким риском прогрессирования, что потенциально позволит рассмотреть деэскалацию терапии. Напротив, наличие интеграции или структурных вариантов указывает на необходимость более интенсивного наблюдения и возможной интенсификации лечения.