Исследование показало, что комплексный анализ вирусного генома HPV16 позволяет выделить группы пациентов с различным прогнозом при орофарингеальной плоскоклеточной карциноме: эписомальные вирусные геномы ассоциированы с отсутствием прогрессирования, тогда как интеграция в геном хозяина повышает риск рецидива до 23,1%.

Анализ 1086 опухолей головы и шеи показал различные молекулярные паттерны в зависимости от факторов риска: HPV-позитивные опухоли характеризуются APOBEC-индуцированными мутациями PIK3CA, а HPV-негативные — амплификациями 3q26/28 и мутациями TP53, связанными с курением.

Исследование продемонстрировало, что микроРНК могут служить надежными биомаркерами для выявления высокоградных цервикальных поражений у HR-HPV-позитивных женщин с высокой диагностической точностью (AUC = 0.94 для комбинированной подписи).