Количественная ПЦР с обратной транскрипцией (RT-qPCR) остаётся золотым стандартом для измерения экспрессии РНК, однако надёжность результатов критически зависит от выбора референсных генов. Различные классы РНК — микроРНК, кольцевые РНК, химерные РНК — имеют разные профили экспрессии и стабильности, что требует использования класс-специфичных внутренних контролей.

Для микроРНК и циркулярных РНК такие референсы установлены, но для химерных РНК в ткани предстательной железы стабильных референсных генов не существовало. Это ограничивало точность исследований химерных транскриптов при раке предстательной железы. Недавние данные показали, что химерные РНК существуют не только в опухолях, но и в физиологических условиях, что указывает на возможность существования «housekeeping-подобных» химерных молекул.

Исследователи проанализировали данные RNA-seq из когорт TCGA и CPGEA для выявления химерных РНК, общих для рака предстательной железы и прилежащей нормальной ткани. Из исходного массива 37 кандидатных химерных РНК не показали статистически значимых различий между опухолью и нормой.

Химерная РНК ABRAXAS1-HELQ была валидирована методами touchdown PCR, гель-электрофореза, секвенирования по Сэнгеру и RT-qPCR. Молекула определялась в объединённых клинических образцах, демонстрировала относительно стабильную экспрессию в девяти линиях клеток предстательной железы и не показывала значимых изменений при различных экспериментальных условиях в трёх протестированных линиях.

Субклеточное фракционирование и транскриптомный анализ подтвердили стабильность экспрессии ABRAXAS1-HELQ, что делает эту химерную РНК перспективным класс-специфичным референсным геном для нормализации RT-qPCR при количественной оценке других химерных транскриптов.

Помимо роли референсного гена, ABRAXAS1-HELQ продемонстрировала биологическую активность. siRNA-опосредованное подавление ABRAXAS1-HELQ приводило к снижению миграции клеток рака предстательной железы. Транскриптомный анализ и функциональные тесты идентифицировали MCOLN2 (mucolipin 2, кальциевый канал семейства TRP) как вероятный нижестоящий медиатор этого эффекта.

Эти данные указывают, что ABRAXAS1-HELQ может выполнять двойную функцию: служить стабильным референсом для технических нужд и участвовать в регуляции подвижности опухолевых клеток.

Идентификация ABRAXAS1-HELQ восполняет важный пробел в методологии изучения химерных РНК при раке предстательной железы. Класс-специфичная нормализация повышает точность количественной оценки экспрессии химерных транскриптов, что критично для валидации потенциальных биомаркеров и терапевтических мишеней.

Дальнейшие исследования должны подтвердить стабильность ABRAXAS1-HELQ в более широком спектре экспериментальных условий и клинических когортах, а также детализировать механизм её влияния на миграцию клеток через ось MCOLN2.