Опухолеассоциированные микроорганизмы являются важными компонентами микроокружения опухоли при аденокарциноме протоков поджелудочной железы (pancreatic ductal adenocarcinoma, PDAC). Однако стандартные методы микробиологического профилирования не обеспечивают субклеточного разрешения и функциональной валидации. В данном исследовании визуализация компартментализации микробов in situ в опухолях желудочно-кишечного тракта продемонстрировала микробное обогащение внутри опухолевых клеток.

Пространственная транскриптомика PDAC человека на основе микробного присутствия выявила регуляцию аутофагии микроорганизмами. Мультиплексный культуромический анализ опухолей поджелудочной железы и прилежащих тканей идентифицировал гетерогенные жизнеспособные бактериальные виды с обогащением Klebsiella pneumoniae (K.p.) в опухолях.

Пространственный анализ, специфичный для K.p., связал этот микроорганизм с уклонением от иммунного ответа через подавление презентации антигенов. Механистическое исследование K.p. на мышиных моделях продемонстрировало индукцию роста опухоли и снижение презентации антигенов, что привело к снижению терапевтической эффективности.

Исследователи идентифицировали неинвазивные микробные маркеры на основе реактома антител к K.p., которые предсказывали клинические исходы. Множественные ортогональные подходы обеспечили механистическое и функциональное понимание того, как опухолерезидентные микробы влияют на биологию PDAC.

Работа демонстрирует, что жизнеспособные внутриопухолевые микроорганизмы, в частности Klebsiella pneumoniae, являются активными участниками опухолевого процесса при раке поджелудочной железы, подавляя иммунный ответ и ограничивая эффективность терапии. Детекция антител к K.p. может стать основой для неинвазивной прогностической стратификации пациентов с PDAC.