Гетерогенность опухолеассоциированных макрофагов может влиять на исходы колоректального рака (КРР). Авторы исследовали CTSD-ассоциированную программу макрофагов и её функциональную значимость, интегрировав данные single-cell RNA-seq (GSE132465: 23 опухолевых и 10 нормальных образцов), экспрессионные данные и данные выживаемости TCGA, а также три пространственных среза с использованием алгоритма Scissor, моделей выживаемости и экспериментов с кондиционированной средой макрофагов.

Из 45 520 клеток было идентифицировано состояние макрофагов, ассоциированное с выживаемостью. Анализ псевдобулк-экспрессии на уровне образцов показал, что CTSD и SPP1 повышались в 10 из 10 парных опухолевых образцов макрофагов (оба парных p = 0,0020), тогда как HSPA1A не продемонстрировал значимого парного увеличения (p = 0,131). Кросс-валидированные C-индексы составили 0,550, 0,612 и 0,533 для одногенных моделей CTSD, HSPA1A и SPP1 соответственно и 0,604 для трёхгенной модели на 571 случае TCGA (100 повторов стратифицированной десятикратной кросс-валидации моделей Кокса). Добавление трёх генов к возрасту, полу и стадии увеличило кросс-валидированный C-индекс с 0,714 до 0,722.

Авторы отмечают, что отбор признаков методом Scissor и последующий анализ выживаемости использовали один и тот же исход, поэтому эти результаты не являются независимой прогностической валидацией. Сайленсинг CTSD ослаблял способность свежесобранной кондиционированной среды макрофагов поддерживать жизнеспособность, инвазию и колониеобразование клеток КРР. Исследователи заключают, что CTSD является функционально значимым кандидатом в экспериментальной модели макрофагов; клиническое предсказательное значение и прямые внеклеточные механизмы CTSD остаются недоказанными.