Метаанализ трёх независимых исследований выявил 33 общих дифференциально экспрессированных гена при Ph-негативных МПН и специфические генные сигнатуры для эссенциальной тромбоцитемии (7 генов), истинной полицитемии (204 гена) и первичного миелофиброза (1806 генов).

Разработана платформа TAPESTRY для визуализации и анализа данных альтернативного сплайсинга в 1916 педиатрических опухолях ЦНС, позволяющая непрограммирующим исследователям идентифицировать опухоль-специфические изоформы как потенциальные мишени для иммунотерапии.

Исследователи разработали Nextflow-инструмент metafactory для data-driven идентификации метапрограмм экспрессии генов в данных scRNA-seq. Метод применён к Single-cell Pediatric Cancer Atlas (ScPCA) — ресурсу, содержащему >700 образцов >50 типов детских опухолей, и позволяет автоматически выбирать оптимальное число кластеров на основе неизбыточности, разнообразия образцов и биологической интерпретируемости программ.

На конференции SITC по компьютерной иммуноонкологии представлена новая модель машинного обучения LoFT-TCR, которая предсказывает взаимодействие T-клеточных рецепторов с антигенами. Метод может революционизировать разработку персонализированной T-клеточной иммунотерапии.

Разработан инновационный метод CDState для выявления различных состояний злокачественных клеток в опухоли на основе bulk RNA-seq данных. Валидация на 33 типах рака из TCGA показала связь гетерогенности с клиническими исходами и генетическими драйверами.

Обзор методов секвенирования РНК единичных клеток (scRNA-seq) как мощного инструмента для глубокого анализа опухолевой гетерогенности, диагностики и понимания клеточных взаимодействий в онкологии.