Публичные омиксные данные широко используются в биоинформатике рака желудка. Ресурсы, такие как когорта аденокарциномы желудка The Cancer Genome Atlas (TCGA-STAD), Gene Expression Omnibus (GEO), cBioPortal, протеогеномные когорты, атласы одноклеточного секвенирования и пространственные датасеты, делают вторичный анализ быстрым и недорогим. Они применяются для изучения биологии опухоли, биомаркеров, прогноза, гипотез ответа на терапию и состояний опухолевого микроокружения.

Главное ограничение этой литературы — не доступ к данным, а размывание доказательной базы. Многие исследования повторно используют схожие когорты и аналитические конвейеры, производя дополнительные списки генов или прогностические сигнатуры без соответствующего улучшения независимой валидации, интерпретации или клинической значимости.

Методологический нарративный обзор синтезирует вторичный анализ публичных омиксных данных при раке желудка с методологической, трансляционной и воспроизводимой точек зрения, опираясь на воспроизводимые сканирования базы данных PubMed и проверки публичных метаданных.

Обзор преследует три цели. Первая — классифицировать повторно используемые публичные ресурсы данных и повторяющиеся аналитические рабочие процессы, построенные на их основе. Вторая — использовать прогностическое моделирование как стресс-тест для утечки данных (leakage), переобучения (overfitting), слабой валидации и переинтерпретированной клинической ценности. Третья — предложить GC-PROVE — фреймворк оценки по пяти доменам: постановка проблемы, происхождение ресурса, прозрачность омиксного рабочего процесса, иерархия валидации и сдержанность доказательств.

Исследования с использованием публичных омиксных данных наиболее полезны, когда они производят проверяемые доказательства, внешнюю валидацию, биологическую триангуляцию и чёткий клинический контекст.