Молекулярная патобиология Ph-негативных миелопролиферативных новообразований (МПН) оказалась значительно сложнее, чем предполагалось изначально. Известные соматические мутации не могут полностью объяснить патогенез заболевания и сохраняют высокую степень неопределённости индивидуального прогноза. С учётом вовлечённости эпигенетических механизмов нарушения экспрессии множества генов предпринимаются попытки поиска специфических изменений транскриптома кроветворных клеток при МПН. Однако результаты различных исследований часто не совпадают вследствие использования различных аналитических технологий, статистических подходов и небольших выборок пациентов.

Поиск исходных данных проводили в каталоге NCBI GEO. После отбора по ключевым словам «myeloproliferative neoplasm» выделены 3 независимые базы данных, совпадающие по аналитической платформе Affymetrix и типу биоматериала (CD34+ клетки). Процессинг проводили в интегрированной среде разработки RStudio с использованием пакета oligo, нормализацию генной экспрессии осуществляли методом robust multiarray average. Анализ дифференциальной экспрессии генов в CD34+ клетках между группами пациентов проводили с использованием пакета limma.

Для повышения надёжности результатов метаанализ проводили с использованием комбинации методов Фишера и Стауфера, а в финальной фильтрации использовали процедуру Jackknife.

Выявлено 33 дифференциально экспрессированных гена, общих для всех Ph-негативных МПН. Кроме того, обнаружены специфические генные сигнатуры: 7 генов для эссенциальной тромбоцитемии (ЭТ), 204 гена для истинной полицитемии (ИП) и 1806 генов для первичного миелофиброза (ПМФ).

Особый интерес представляет ген PIM1, уровень экспрессии которого значимо различался в ряду: контроль → эссенциальная тромбоцитемия → истинная полицитемия → первичный миелофиброз, что свидетельствует о прогрессирующем характере молекулярных изменений.

Функциональная аннотация выявленных генов подтверждает известные патогенетические механизмы заболевания:

• Нарушение репарации ДНК
• Дисрегуляция апоптоза
• Изменение пролиферативной и функциональной активации клеток
• Развитие воспалительных процессов в костном мозге

Данные свидетельствуют о многоуровневом характере взаимодействия внутриклеточных сигнальных путей и плейотропности регуляторных процессов канцерогенеза. В целом полученные результаты соответствуют постулату биологического континуума W. Dameshek, предполагающего единый патогенетический механизм эволюции МПН.

Результаты метаанализа расширяют понимание молекулярных основ Ph-негативных МПН и потенциально могут быть использованы для разработки новых прогностических моделей и терапевтических мишеней. Выявление специфических генных профилей для различных нозологических форм МПН может способствовать более точной дифференциальной диагностике и персонализации терапевтических подходов.