Альтернативный сплайсинг (AS) является важным источником молекулярного разнообразия в педиатрических опухолях центральной нервной системы (ЦНС), при этом медиана составляет приблизительно 130 000 событий сплайсинга на одну опухоль. Альтернативный сплайсинг может приводить к образованию опухоль-специфических протеоформ, которые представляют собой перспективные мишени для иммунотерапии. Однако масштаб и сложность данных RNA-секвенирования затрудняют их интерпретацию, особенно для исследователей без вычислительной экспертизы, что ограничивает возможность педиатрического нейроонкологического сообщества эффективно использовать данные о сплайсинге для клинической трансляции.

Для решения этой проблемы разработана платформа TAPESTRY (Tumor Alternative PEdiatric Splicing visualizaTion and queRYing), поддерживающая прямое исследование данных об обогащенных в опухолях сплайс-соединениях непрограммирующими пользователями. TAPESTRY интегрирует данные об альтернативном сплайсинге из 1916 педиатрических опухолей ЦНС из Open Pediatric Cancer Project наряду с RNA-seq данными нормального мозга, охватывающими стадии от плода до молодого взрослого (атлас Evo-Devo, педиатрические нормальные образцы мозга и GTEx <40 лет; всего N = 250).

Платформа состоит из удобного пользовательского интерфейса, подключенного через API к базе данных, что позволяет запрашивать и извлекать крупномасштабные наборы данных. Доступны множественные опции фильтрации для приоритизации сплайс-соединений. Важно, что интегрированы соответствующие клеточные линии и данные Dependency map (DEPMAP) для поддержки выбора подходящих in vitro моделей, воспроизводящих паттерны сплайсинга.

TAPESTRY в настоящее время предоставляет интерактивный набор визуализаций, отображающий экспрессию сплайс-соединений в солидных опухолях, нормальном мозге и производных клеточных линиях, что позволяет быстро оценить опухолевую специфичность и селективность клеточных линий. Дополнительные представления выделяют контекст сплайс-соединений в генных моделях и экспрессию на уровне соединений в генах, представляющих интерес.

Платформа разработана для ускорения трансляционных исследований, позволяя экспертам в предметной области напрямую анализировать события сплайсинга в педиатрических опухолях ЦНС, что приводит к более быстрой приоритизации, доклиническому тестированию и, в конечном итоге, к клинической трансляции.

TAPESTRY является активно развивающейся платформой. Будущие работы направлены на интеграцию дополнительных наборов данных опухолей и референсных нормальных образцов (например, нейробластома, образцы развития и не-мозговые образцы GTEx), а также на добавление дополнительных функций, включая визуализацию клинических и молекулярных корреляций сплайс-соединений (например, экспрессия генов и белков, выживаемость).