Третичные лимфоидные структуры (TLS) — эктопические лимфоидные агрегаты, возникающие в нелимфоидных тканях при хроническом воспалении и в опухолях. Исследователи использовали когорту TCGA-BRCA для отбора генов из панели 39 TLS-ассоциированных кандидатов с помощью регрессии Кокса и анализа Каплана–Мейера. После коррекции Бенджамини–Хохберга семь генов остались значимыми (false-discovery rate < 0.05). Балл рассчитывали методом single-sample gene set enrichment analysis (ssGSEA), когортно-специфические пороги использовали для группового анализа.

Пациенты с высоким TLS-баллом имели более длительную общую выживаемость, чем пациенты с низким баллом, в обеих когортах — TCGA-BRCA и независимой валидационной METABRIC. Дополнительный анализ Кокса с непрерывным баллом дал согласующиеся результаты, подтверждая, что прогностическая ассоциация не зависела от дихотомизации.

Опухоли с высоким TLS-баллом демонстрировали иммуноактивный профиль: повышенные оценки инфильтрации В-клетками, CD8+ Т-клетками и Т-фолликулярными хелперными клетками. Ассоциация с опухолевым мутационным бременем (TMB) была статистически значимой, но слабой (Spearman R = 0.11). Гистологическое исследование единственного образца показало лимфоидный агрегат с областями CD20+ В-клеток и CD8+ Т-клеток, но не подтвердило специфичность балла.

Семигенная TLS-ассоциированная сигнатура иммунной активации воспроизводимо связана с выживаемостью и иммунной инфильтрацией в двух ретроспективных когортах рака молочной железы. Авторы подчёркивают, что сигнатуру следует интерпретировать как маркер иммуноактивного состояния по данным bulk-транскриптомики, а не как гистологически валидированную меру количества TLS. Для клинического применения необходимы проспективная и пространственная валидация.