Авторы объединили транскриптомные данные TCGA и GTEx для оценки экспрессии ABCF2 (ATP-binding cassette sub-family F member 2) — нетрансмембранного белка ABC-суперсемейства, участвующего в регуляции трансляции — у 33 типов злокачественных новообразований. Протеомная валидация проведена по данным CPTAC и HPA. Проанализированы генетические альтерации, метилирование промотора, связи с m6A-регуляторами, показатели геномной гетерогенности (TMB, MSI, NEO, MATH, HRD, LOH), иммунная инфильтрация (ESTIMATE, ssGSEA, TIMER), функциональное обогащение (GO, KEGG, GSEA) и чувствительность к препаратам (CTRP, GDSC). Построены и валидированы прогностические номограммы. При раке молочной железы (BRCA) экспрессия ABCF2 верифицирована в 16 парах клинических образцов и клеточных линиях; биологическая роль изучена в экспериментах с нокдауном и гиперэкспрессией (CCK-8, colony formation, wound healing, Transwell) и в ксенографтной модели.
Большинство типов опухолей TCGA демонстрировали значимое повышение уровня ABCF2; комбинированный анализ TCGA-GTEx подтвердил широкую гиперэкспрессию, согласующуюся на протеомном уровне. Высокая экспрессия ABCF2 ассоциирована с неблагоприятной общей выживаемостью при BRCA, GBM, LGG, LIHC, LUAD и SKCM, выступала независимым прогностическим фактором в ряде опухолей и поддерживала номограммы с умеренной дискриминационной способностью. Диагностическая точность превысила AUC 0,9 при CHOL, COAD, LIHC, STAD и THYM.
Гиперэкспрессия ABCF2 сопровождалась амплификацией гена, гипометилированием промотора и положительными корреляциями с m6A-регуляторами. Повышенный уровень ABCF2 совпадал с иммуносупрессивным микроокружением: меньше CD8+ T-клеток, больше Th2-клеток и MDSC, положительные корреляции с NECTIN2 и TGFB1. ABCF2-ассоциированные гены группировались вокруг биогенеза рибосом, репликации ДНК и клеточного цикла. Высокие уровни ABCF2 связаны с более высокими расчетными IC50 для нескольких EGFR-таргетных препаратов in silico.
При BRCA подавление ABCF2 ослабляло злокачественный фенотип in vitro и замедляло рост ксенографтов in vivo, тогда как гиперэкспрессия вызывала противоположные эффекты. Авторы заключают, что ABCF2 часто гиперэкспрессирован в опухолях, ассоциирован с прогностическими, диагностическими и иммунными характеристиками и играет проонкогенную роль при раке молочной железы, что номинирует его кандидатом для трансляционных исследований.