Ретинобластома — одна из немногих солидных опухолей у детей, при которой диагностическая биопсия опухоли строго противопоказана из-за риска распространения. Это делает молекулярную характеристику во время органосохраняющего лечения крайне сложной задачей. Исследовательская группа ранее установила, что бесклеточная ДНК (cfDNA) из водянистой влаги глаза является опухоль-производной жидкостной биопсией при ретинобластоме, демонстрирующей надежное выявление соматических копийных числовых аберраций. Однако комплексная молекулярная диагностика RB1, включая идентификацию обоих инактивирующих событий RB1, оставалась технически сложной из-за ограниченного количества cfDNA, получаемой из водянистой влаги.
В исследовании оценивалась возможность клинически валидированного таргетного секвенирования, оптимизированного для матрицы водянистой влаги, для комплексной in vivo молекулярной диагностики RB1 без необходимости ткани опухоли. Диагностические образцы водянистой влаги от 65 глаз 53 пациентов с ретинобластомой подверглись таргетному секвенированию с использованием ассея LBSeq4Kids — лабораторно-разработанного теста (LDT) стандарта CLIA, аналитически валидированного для образцов водянистой влаги. Тест выявлял последовательные варианты RB1, делеции, изменения промотора и потерю гетерозиготности (LOH). Герминальный статус RB1 определялся при помощи тестирования крови, когда это было доступно.
cfDNA из водянистой влаги выявила как минимум одну аберрацию RB1 в 57 из 65 глаз (87,7%), в то время как полная биаллельная молекулярная диагностика RB1 была достигнута в 53 глазах (81,5%). Полная идентификация обоих инактивирующих событий RB1 была достигнута в 86,1% герминально-ассоциированных опухолей и 75,9% ненаследственных опухолей.
Водянистая влага выявила полный спектр клинически значимых аберраций RB1, включая нонсенс-мутации, мутации со сдвигом рамки считывания, splice-site варианты, миссенс-мутации, варианты промотора, делеции и LOH. Примечательно, что частоты и архитектура аберраций RB1 точно воспроизводили данные, опубликованные в когортах опухолей, демонстрируя, что водянистая влага достоверно воспроизводит опухоль-производные молекулярные находки RB1 в живых глазах.
Кроме того, патогенные аберрации в генах BCOR, ARID1A, MSH6 и FANCL были идентифицированы в подгруппе образцов, подтверждая более широкие возможности жидкостной биопсии водянистой влаги для молекулярного профилирования за пределами RB1.
Эти результаты демонстрируют, что комплексная in vivo молекулярная диагностика RB1, включая точное определение биаллельной инактивации RB1, теперь может быть достигнута без ткани опухоли. Основываясь на предыдущей разработке жидкостной биопсии водянистой влаги для ретинобластомы, эта работа расширяет платформу от профилирования копийных чисел до комплексной молекулярной диагностики RB1, преодолевая основной технический барьер, создаваемый ограниченным количеством ДНК в образцах водянистой влаги.
Высокая согласованность между данными водянистой влаги и опубликованными когортами опухолей поддерживает клиническое внедрение жидкостной биопсии водянистой влаги для прецизионной молекулярной диагностики при ретинобластоме.