Атипичная тератоид-рабдоидная опухоль (ATRT) — редкое агрессивное злокачественное новообразование ЦНС. Исследователи повторно проанализировали данные single-nucleus RNA-sequencing из набора GSE283839 (12 опухолей ATRT), сфокусировавшись на глиальном микроокружении: транскрипционных программах астроцитов и микроглии и потенциальных взаимодействиях с опухолевыми клетками. Для анализа межклеточных коммуникаций использовали CellChat с 10 000 пермутаций и коррекцией Бенджамини–Хохберга внутри модели. Независимая когорта включала 8 образцов от 4 пациентов.
В наборе обнаружения аннотировано 47 астроцитов и 288 клеток микроглии. Астроциты экспрессировали SLC1A2, SLC1A3 и GLUL, демонстрируя более высокие показатели глутамат/глутамин-модуля, чем парные опухолевые клетки в 2 из 3 оцениваемых опухолей. Это различие сохранялось при консервативной аннотации в единственной доступной для оценки опухоли.
Микроглия демонстрировала перекрывающиеся воспалительные, иммунорегуляторные, фагоцитарные/липид-процессинговые и антиген-презентирующие программы. Во всех 12 опухолях экспрессия CD74 в микроглии коррелировала с показателем антиген-презентирующего модуля.
Кандидатные взаимодействия включали:
- От астроцитов к опухоли: NCAM1–FGFR1 и PTN–PTPRZ1
- От микроглии к опухоли: пары, связанные с SPP1
- От опухоли к микроглии: APP–CD74 (прошло коррекцию BH в 7 из 10 подходящих опухолей набора обнаружения)
Внешняя валидация подтвердила взаимодействие опухоль–миелоид APP–CD74 по крайней мере в одной миелоидной популяции в каждом из 5 оцениваемых образцов от 4 пациентов.
Поисковое исследование выявило метаболические программы астроцитов (обмен глутамата/глутамина) и иммунные программы микроглии в микроокружении ATRT. Приоритетными кандидатами для будущей пространственной и функциональной валидации являются взаимодействия APP–CD74 и дополнительные пары глия–опухоль с подтверждённой экспрессией.