Исследователи провели интегративный анализ микроокружения опухоли при диффузной В-крупноклеточной лимфоме (ДВКЛ), используя шесть композитных программ, курированных на основе литературы: Macrophage-rich (богатая макрофагами), T cell-inflamed (T-клеточное воспаление), Antigen-presentation (презентация антигена), Stromal/fibrotic (стромально-фиброзная), Immune-cold/exclusion (иммунно-холодная/эксклюзия) и Proliferative/cycling (пролиферативная/циклирующая). Каждая программа включала 22 гена (всего 132 членства, 121 уникальный ген и 11 общих).

В когорте из 498 опухолей GSE31312 главные компоненты PC1 и PC2 объяснили 48,6% и 20,8% дисперсии оценок соответственно. Критически важно, что ни одна дискретная таксономия не продемонстрировала достаточной стабильности: вариант k=2 соответствовал критериям силуэта и размера, но не прошел оба порога bootstrap-стабильности.

Согласованность между когортами оказалась высокой: для GSE10846 корреляция составила rho=0.936, для GSE181063 — rho=0.982. Даже при наиболее строгом исключении рёбер графа (удаление как общих генов, так и пролиферативных связей) корреляция для GSE10846 снизилась только до rho=0.690, что свидетельствует о робастности программ.

Одноклеточный анализ 14 368 клеток ДВКЛ от четырёх пациентов (восемь образцов) предоставил дескриптивный контекст линий дифференцировки.

В областях Visium V2 серия антиген-презентации анализировалась как AP-residual (HLA-неизмеренная), поскольку измерялись только 13 из 22 генов программы, а все девять генов HLA из определённой программы были недоступны.

Поддержка случайными наборами генов была широкой, но не универсальной: 24/30 комбинаций ДВКЛ, 18/24 контекстных/фоновых, 42/54 в целом (25/32 первичных плюс исследовательских). При этом оба скорректированных по глубине покрытия остаточных показателя поддерживались во всех 30/30 комбинациях область-программа для ДВКЛ.

Полученные данные поддерживают континуальную интерпретацию на уровне программ микроокружения, а не дискретную классификацию подтипов, при сохранении явной прослеживаемости происхождения данных и учёте ограничений методов анализа, глубины секвенирования и выборки. Это имеет важное значение для понимания гетерогенности ДВКЛ и потенциальной стратификации пациентов на основе характеристик опухолевого микроокружения.