Рак желудка (РЖ) представляет собой молекулярно гетерогенное заболевание. Исследователи проанализировали связь между генами эндоцитозных путей, иммунными контрольными точками и прогнозом при РЖ, используя публичные транскриптомные базы данных TCGA и GEO.

С помощью ssGSEA (single-sample Gene Set Enrichment Analysis) и NMF (Non-negative Matrix Factorization) выявлены два молекулярных подтипа рака желудка:

Группа 1 характеризовалась:

• Более высокой активностью эндоцитозных путей
• Иммуносупрессивным микроокружением опухоли
• Повышенной экспрессией маркеров иммунных контрольных точек
• Худшей выживаемостью

Группа 2 демонстрировала:

• Низкую активность эндоцитозных путей
• Более благоприятный прогноз

Оценивались выживаемость, характеристики опухолевого микроокружения, мутационная нагрузка опухоли (TMB), микросателлитная нестабильность (MSI) и дифференциально экспрессируемые гены.

Разработана прогностическая сигнатура из трёх генов: NRP1, SERPINE1 и MISP3. Модель стратифицировала пациентов на группы высокого и низкого риска в ретроспективных когортах.

Пациенты группы высокого риска ассоциировались с:

• Худшей общей выживаемостью
• Обогащением путей эпителиально-мезенхимального перехода (EMT)
• Активацией механизмов ускользания от иммунного ответа

Ретроспективная кросс-когортная валидация показала, что прогностический сигнал не ограничивается одним датасетом, однако это не демонстрирует проспективной клинической валидности, аналитической достоверности или готовности к клиническому применению.

Молекулярные паттерны, связанные с эндоцитозом, могут быть ассоциированы с различными биологическими и прогностическими характеристиками при раке желудка.

Важно: Выявленные подтипы и прогностическая сигнатура должны интерпретироваться как исследовательские, генерирующие гипотезы находки, требующие дальнейшей проспективной, функциональной валидации и валидации на уровне анализа.