Традиционное транскриптомное секвенирование на уровне объемной ткани не может связать клеточно-специфичную экспрессию генов с выживаемостью пациентов. В данном исследовании авторы интегрировали данные одноядерного RNA-seq и лонгитюдинальные данные 152 пациентов с протоковой аденокарциномой поджелудочной железы (PDAC), профилируя 1,2 миллиона клеток для построения прогностической карты, связывающей клеточно-разрешенную экспрессию генов с общей выживаемостью.
Используя платформу пространственной транскриптомики с одноклеточным разрешением, исследователи дополнительно проанализировали 3,1 миллиона клеток и сопоставили их пространственное распределение с терапевтическим ответом. Для расширения возможностей научного сообщества разработана интерактивная платформа ctPANDA, предлагающая прогностические инсайты на уровне клеточных типов.
Данный атлас идентифицировал PLOD2 как перспективную мишень — повышенная экспрессия этого гена предсказывает худшие исходы в восьми типах клеток. Авторы разработали proof-of-concept соединение, которое может эффективно деградировать PLOD2 и ингибировать прогрессирование PDAC in vivo.
В совокупности данное исследование продвигает прогностический анализ с уровня объемной ткани до клеточного разрешения, устанавливая методологическую основу для связи экспрессии генов с клиническими исходами и предоставляя практические инсайты для поиска мишеней и персонализированной онкологии.