ДНК из FFPE-образцов злокачественных новообразований не всегда пригодна для генетических исследований, что делает контроль качества на всех этапах пробоподготовки критически важным. В исследовании проанализированы 293 таргетные библиотеки, приготовленные из 268 образцов различных типов злокачественных новообразований по протоколу TruSight Oncology 500 High Throughput (Illumina) с секвенированием на Illumina NovaSeq 6000 и NextSeq 2000.
Включение в протокол пробоподготовки дополнительной стадии очистки и концентрирования выделенной ДНК на 34% повышает вероятность успешного секвенирования и значимо увеличивает биоинформатические метрики: медианное покрытие экзонов, медианный размер вставки, процент экзонов с покрытием >50х.
Значимыми предикторами успешности последующего секвенирования являются средняя длина библиотеки и концентрация библиотек. Вероятность успеха повышается при секвенировании библиотек с концентрацией не менее 15 нг/мкл и средней длиной не менее 240 п.н. Определены пороговые значения метрик контроля качества для оптимизации протокола подготовки таргетных библиотек из онкологических FFPE-образцов.