Протоковая аденокарцинома поджелудочной железы (PDAC) остается одной из самых летальных злокачественных опухолей и практически не отвечает на иммунотерапию из-за «иммунологически холодного» микроокружения опухоли и сниженной презентации антигенов. Мутации KRAS, присутствующие в большинстве случаев PDAC, стимулируют рост опухоли и способствуют ускользанию от иммунного ответа. Хотя ингибиторы RAS показали себя как перспективная стратегия лечения PDAC, развитие резистентности практически неизбежно, что указывает на необходимость комбинированной терапии.

Исследователи предположили, что ингибирование RAS может изменить иммунопептидом MHC-I (совокупность всех пептидов MHC, экспрессированных на поверхности клетки) в клетках PDAC и тем самым выявить индуцированные лечением опухолеассоциированные пептидные антигены, которые можно использовать для таргетной иммунотерапии.

Клеточные линии PDAC человека обрабатывали пан-ингибитором RAS RMC-6236 и профилировали MHC-рестриктированные пептиды с использованием иммунопептидомного анализа на основе LC-MS/MS. Параллельно проводили глобальный протеомный анализ и анализ дифференциальной экспрессии пептидов с оценкой путей.

Ингибирование RAS увеличило презентацию MHC-I на поверхности клеток PDAC и вызвало широкое ремоделирование иммунопептидома. Из 15 706 идентифицированных пептидных антигенов многие, подавленные после 72 часов лечения, были производными белков клеточного цикла и путей репарации ДНК, включая cyclin A2 и GDF15, что свидетельствует о замедлении клеточной пролиферации в ответ на ингибитор.

Напротив, многие повышенно экспрессированные пептиды происходили из путей, вовлечённых в ответ на ингибирование RAS или резистентность к нему: изменённая передача сигналов (пути Ral, PI3K/AKT, YAP-TAZ/Hippo), апикальные контакты, эпителиально-мезенхимальный переход (EMT) и ремоделирование внеклеточного матрикса (ECM).

Многие изменения путей были подтверждены глобальным протеомным анализом, однако корреляция между иммунопептидомом и протеомом была слабой, что указывает на то, что профиль экспрессии белков плохо отражает состав иммунопептидома.

Кандидатные пептидные антигены были приоритизированы на основе:

• Кратности индукции при лечении
• Экспрессии белка-источника
• Релевантности для PDAC
• Паттерна экспрессии в тканях

Отобранные пептиды были валидированы с использованием таргетного MS-метода SureQuant MHC для точной идентификации и количественной оценки (копий/клетка). Несколько валидированных пептидов показали увеличение в 2–4 раза после лечения, что согласуется с результатами первичного анализа.

Полученные данные показывают, что ингибирование RAS может выявить новые антигенные уязвимости в PDAC путём изменения ландшафта презентации антигенов. Это исследование предоставляет основу для идентификации индуцированных лечением пептидных антигенов и поддерживает рациональные комбинированные стратегии, сочетающие ингибиторы KRAS/RAS с Т-клеточной иммунотерапией, включая BiTE, CAR-pMHC, TCR-T и противораковые вакцины.