Острый лимфобластный лейкоз (ОЛЛ) — одна из наиболее частых педиатрических злокачественных опухолей, характеризующаяся выраженной генетической гетерогенностью. Колумбийские исследователи провели полнотранскриптомное RNA-секвенирование диагностических образцов костного мозга или периферической крови у 40 пациентов моложе 20 лет, чтобы охарактеризовать молекулярный ландшафт ОЛЛ в смешанной латиноамериканской популяции.
Медиана возраста составила 8 лет. У 8 пациентов (20%) определялась измеримая остаточная болезнь (measurable residual disease, MRD) на конец индукции — важный прогностический маркер.
Биоинформатический анализ позволил выполнить молекулярное субтипирование, детекцию слияний генов, анализ дифференциальной экспрессии и вызов вариантов.
Наиболее частыми подтипами оказались ETV6::RUNX1 и Ph-подобный (Ph-like) — каждый представлял 15% случаев. Идентифицированы химерные транскрипты, включая MEF2D::HNRNPUL1 и SEPTIN9::ABL1, характерные для высокого риска.
Анализ дифференциальной экспрессии выявил 3 864 гена, отличающих образцы ОЛЛ от нелейкемических контролей. Обогащение наблюдалось в путях, связанных с гематологическими злокачественными новообразованиями, дифференцировкой B-клеток, иммунными и воспалительными процессами.
Молекулярная классификация уточнила традиционную стратификацию риска у 10% пациентов, что подтверждает потенциальную клиническую пользу транскриптомного профилирования при педиатрическом ОЛЛ.
Исследование демонстрирует важность внедрения полнотранскриптомного секвенирования в рутинную диагностику ОЛЛ, особенно в генетически гетерогенных латиноамериканских популяциях, где стандартные панели могут не покрывать весь спектр молекулярных аномалий. Выявление Ph-подобного подтипа и редких слияний открывает возможности для таргетной терапии ингибиторами тирозинкиназ.