Рак желчевыводящих путей (BTC) включает семейство редких злокачественных новообразований, классифицируемых по анатомической локализации и патоморфологии. Однако такая классификация может скрывать общие биологические механизмы и ограничивать стратификацию пациентов. Исследователи провели полногеномное и транскриптомное секвенирование 180 опухолей, обогащенных опухолевыми клетками методом лазерной микродиссекции, для идентификации общих программ в BTC.

Сетевая интеграция транскриптомных классов позволила выделить два консенсусных подтипа рака (CCS). Подтипы коррелировали с анатомической локализацией первичной опухоли, а анализ маркеров экспрессии генов показал, что они отражают различия в клетке происхождения опухоли.

CCS продемонстрировали поразительно различные молекулярные ландшафты, объясняющие больше вариабельности, чем анатомическая локализация первичной опухоли. Опухоли CCS-B характеризовались высокой мутационной нагрузкой с clock-like и APOBEC мутационными сигнатурами и внехромосомной ДНК (extrachromosomal DNA). В противоположность этому, опухоли CCS-A отличались делециями плеч хромосом.

Данный подход продемонстрировал, что использование геномного и транскриптомного разнообразия BTC обеспечивает понимание общей биологии заболевания и улучшает стратификацию пациентов, предлагая биологически обоснованную альтернативу анатомической классификации.