Фазирование гаплотипов с помощью нанопорового секвенирования длинных прочтений способно разрешить критическую проблему определения аллельной конфигурации мутаций в генах, связанных с раком. Исследование продемонстрировало, что короткие прочтения не могут определить, находятся ли совместно встречающиеся варианты в онкогене на одной и той же аллели (cis) или на противоположных аллелях (trans) — различие с прямыми терапевтическими последствиями.
Среди 768 пациентов с раком предстательной железы, молочной железы или яичников исследователи использовали мутационные сигнатуры для выявления случаев скрытой геномной нестабильности, лишенных причинного биаллельного события при секвенировании коротких прочтений. Нанопоровое секвенирование длинных прочтений разрешило 32 из 46 скрытых случаев (69.6%) через детекцию метилирования, разрешение длинных инсерций и характеризацию структурных вариантов.
Анализ 4,496 образцов MiOncoSeq выявил 17,519 пар генов с множественными поражениями, 78.7% из которых превышали лимит фазирования коротких прочтений в 500 bp.
Trans-конфигурации подтверждают биаллельную инактивацию супрессоров опухолей, тогда как cis-конфигурации генерируют составные онкогенные аллели с усиленной активностью. Исследование подтвердило trans-инактивацию в каждом разрешенном случае супрессора опухолей.
Фазирование длинными прочтениями выявило рекуррентные составные cis-аллели в NOTCH1, PIK3CA, PDGFRB и KIT — находка, имеющая критическое значение для выбора терапевтической стратегии.
Гаплотипное фазирование устраняет упущенный пробел в интерпретации раковых вариантов и требует интеграции в персонализированную онкологию. Правильное определение аллельной конфигурации может кардинально изменить терапевтический подход: в случае trans-конфигурации подтверждается полная потеря функции супрессора опухолей, тогда как cis-конфигурация может указывать на гиперактивацию онкогенного пути.
Эти данные подчеркивают необходимость внедрения технологий длинных прочтений в рутинную диагностическую практику для повышения точности персонализированной терапии рака.