Короткочитающее секвенирование не может определить, находятся ли совместно встречающиеся варианты в одном гене на одной аллели (cis) или на противоположных аллелях (trans). Это различие имеет прямые терапевтические последствия: trans-конфигурация подтверждает биаллельную инактивацию опухолевых супрессоров, тогда как cis-конфигурация создаёт составные онкогенные аллели с усиленной активностью.

Среди 768 пациентов с раком предстательной железы, молочной железы или яичников использовали мутационные сигнатуры для выявления криптических случаев геномной нестабильности, не имеющих причинного биаллельного события при короткочитающем секвенировании. Длинночитающее нанопоровое секвенирование разрешило 32 из 46 криптических случаев (69,6%) через детекцию метилирования, разрешение длинных инсерций и характеризацию структурных вариантов, подтверждая trans-инактивацию в каждом разрешённом случае опухолевого супрессора.

Анализ 4496 образцов MiOncoSeq выявил 17 519 мультихит-пар генов, 78,7% из которых превышали лимит короткочитающего фазирования в 500 п.н. Длинночитающее фазирование выявило рекуррентные составные cis-аллели в генах NOTCH1, PIK3CA, PDGFRB и KIT.

Гаплотипное фазирование устраняет упущенный пробел в интерпретации онкологических вариантов и требует интеграции в прецизионную онкологию.