Исследователи реанализировали публичные данные пространственной транскриптомики 43 срезов от 22 пациентов с тройным негативным раком молочной железы (ТНРМЖ), используя четыре типа меток: desert (D, «пустынные»), excluded (E, «исключённые»), inflamed (I, «воспалённые») и ambiguous-cold (неоднозначно холодные). Дополнительно проанализировали 11 захватов опухолевой ткани из вторичного датасета с применением меток, полученных на discovery-выборке.

Регионы с меткой E показали значимо более высокую оценочную долю раково-ассоциированных фибробластов (CAF) по сравнению с D-регионами (стандартизованный внутрисрезовый эффект 0,78; 95% доверительный интервал 0,55–1,00). В E-регионах также была выше экспрессия PDGFRB, COL3A1, COL5A1 и COL6A1; три коллагеновых гена оставались значимо выше, чем в D- и I-регионах, даже после поправки на глубину секвенирования и долю опухолевых клеток.

Во вторичном датасете из 11 захватов медиана разницы в доле спотов с аннотацией опухоли (E минус D) составила −14,1 процентных пункта (95% бутстрап-интервал −33,5 до −10,7); в 9 захватах разница была отрицательной, в 2 — нулевой. Без использования аннотаций in situ доверительный интервал достигал нуля.

Среди 822 неоднозначно холодных спотов 330 граничили одновременно с D- и E-спотами, что превышало показатели двух нулевых моделей. Объединённые модели с клеточно-специфичной атрибуцией показали положительные различия в экспрессии COL3A1 и COL5A1 внутри популяции CAF; результаты для иммунных показателей зависели от метода оценки и поправок.

Работа характеризует стромально-транскриптомный контраст: E-регионы отличаются от D-регионов более высокой матрикс-ассоциированной экспрессией и расчётной долей CAF, а во вторичном датасете — меньшей аннотированной долей опухолевых клеток. Авторы подчёркивают, что эти измерения уточняют интерпретацию транскриптомных меток, но не подразумевают функционального иммунного исключения.