Злокачественные опухоли оболочек периферических нервов (MPNST) представляют собой высокозлокачественные саркомы мягких тканей с неудовлетворённой потребностью в новых методах лечения. Иммунотерапевтические подходы, основанные на опухолевых антигенах, включая неоантигены и опухоль-ассоциированные антигены (TAA), открывают потенциальные терапевтические возможности. В данном исследовании авторы интегрировали данные секвенирования ДНК и РНК опухолей из открытых источников с вычислительным конвейером in-silico предсказаний для характеристики предполагаемого (нео)антигенного ландшафта MPNST.

Используя инструменты pVACtools, исследователи вычислительно предсказали высокоскоринговые неоантигены на основе прогнозируемой аффинности pMHC к пептидам, происходящим из соматических мутаций и генных слияний, а также раково-тестикулярные антигены и рекуррентно сверхэкспрессированные поверхностные TAA. Все предсказанные неоантигены оказались индивидуальными для отдельных случаев MPNST независимо от статуса PRC2. Анализ был стратифицирован по двум известным подгруппам MPNST: опухолям без и с вариантами потери функции Polycomb Repressor Complex 2 (PRC2-Loss).

С использованием ImSig и CIBERSORTx опухоли с PRC2-Loss продемонстрировали сниженную инфильтрацию иммунными клетками с подавлением путей процессинга и презентации антигенов по сравнению с PRC2-WT, что указывает на известные внутренние ограничения для эффективного неоантиген-направленного иммунного праймирования.

PRC2-Loss MPNST продемонстрировали рекуррентную обусловленную числом копий сверхэкспрессию поверхностных TAA, происходящих от амплификации хромосомы 8, что предоставляет потенциальные иммунотерапевтические мишени, независимые от pMHC. Примером TAA был LY6E — поверхностный белок, который детектировался на уровнях, зависимых от числа копий, в клеточных линиях MPNST.

Эти вычислительные данные требуют экспериментальной валидации. Результаты указывают на PRC2-независимый индивидуальный иммуноантигенный пептидный репертуар и иммунорезистентное микроокружение MPNST, ассоциированное с PRC2-Loss. Гипотезо-генерирующие данные создают дополнительный стимул для персонализированных и дальнейшего изучения иммунных терапевтических стратегий, включая персонализированные неоантигенные вакцины и TAA-направленные терапии против поверхностных белков в зависимости от статуса PRC2.