Исследование 1086 опухолей (606 полости рта, 480 ротоглотки, включая 287 HPV-позитивных опухолей ротоглотки) с использованием панели из 1109 генов выявило специфические молекулярные паттерны, связанные с различными факторами риска.

PIK3CA изменения

• HPV-позитивные опухоли ротоглотки: характеризовались APOBEC-индуцированными мутациями и коэкспрессией мутаций FGFR3 в части случаев
• HPV-негативные опухоли: отмечались амплификации 3q26/28 (PIK3CA/TP63/SOX2)

TP53 мутации

• Наиболее часто мутировавший ген в HPV-негативных опухолях
• Сильное обогащение среди курильщиков с HPV-негативными опухолями ротоглотки
• В опухолях полости рта частота мутаций TP53 была стабильно высокой независимо от статуса курения

CCND1 амплификации

• Преимущественно ограничены HPV-негативными опухолями
• Наиболее частые у пациентов с комбинированным употреблением табака и алкоголя
• Этот комбинированный эффект был воспроизведен в когорте TCGA и отражен на транскриптомном уровне

Характеристика одной из крупнейших когорт опухолей полости рта от пациентов, никогда не куривших и не употреблявших алкоголь (N = 100), показала:

• Чаще встречались у женщин
• Обогащение мутациями FAT1 и CASP8 по сравнению с опухолями от курильщиков и употреблявших алкоголь (N = 353)

Полученные данные определяют различные, зависимые от воздействия паттерны соматических изменений в зависимости от локализации и HPV-статуса. Результаты предоставляют молекулярную основу для этиологически обоснованной стратификации риска при раке головы и шеи.

Исследование демонстрирует важность учета специфических факторов риска при анализе молекулярного ландшафта опухолей головы и шеи, что может иметь значение для персонализированной терапии.