Исследование 1086 опухолей (606 полости рта, 480 ротоглотки, включая 287 HPV-позитивных опухолей ротоглотки) с использованием панели из 1109 генов выявило специфические молекулярные паттерны, связанные с различными факторами риска.
PIK3CA изменения
- HPV-позитивные опухоли ротоглотки: характеризовались APOBEC-индуцированными мутациями и коэкспрессией мутаций FGFR3 в части случаев
- HPV-негативные опухоли: отмечались амплификации 3q26/28 (PIK3CA/TP63/SOX2)
TP53 мутации
- Наиболее часто мутировавший ген в HPV-негативных опухолях
- Сильное обогащение среди курильщиков с HPV-негативными опухолями ротоглотки
- В опухолях полости рта частота мутаций TP53 была стабильно высокой независимо от статуса курения
CCND1 амплификации
- Преимущественно ограничены HPV-негативными опухолями
- Наиболее частые у пациентов с комбинированным употреблением табака и алкоголя
- Этот комбинированный эффект был воспроизведен в когорте TCGA и отражен на транскриптомном уровне
Характеристика одной из крупнейших когорт опухолей полости рта от пациентов, никогда не куривших и не употреблявших алкоголь (N = 100), показала:
- Чаще встречались у женщин
- Обогащение мутациями FAT1 и CASP8 по сравнению с опухолями от курильщиков и употреблявших алкоголь (N = 353)
Полученные данные определяют различные, зависимые от воздействия паттерны соматических изменений в зависимости от локализации и HPV-статуса. Результаты предоставляют молекулярную основу для этиологически обоснованной стратификации риска при раке головы и шеи.
Исследование демонстрирует важность учета специфических факторов риска при анализе молекулярного ландшафта опухолей головы и шеи, что может иметь значение для персонализированной терапии.