Исследование, опубликованное в «Архиве патологии», документирует значительную деградацию ДНК в FFPE-образцах (formalin-fixed paraffin-embedded) рака шейки матки в зависимости от срока хранения. Через 5 лет концентрация извлекаемой ДНК падает до уровней, близких к пределу детекции, что ставит под вопрос возможность молекулярно-генетических исследований архивного материала.
Исследователи проанализировали 62 парафиновых блока рака шейки матки, разделенных на три группы по сроку хранения:
- Группа 1 (0–5 лет): n=20–25 образцов
- Группа 2 (5–8 лет): n=15–20 образцов
- Группа 3 (8–10 лет): n=15–20 образцов
Выделение ДНК проводилось с использованием коммерческого набора (ООО «БиоЛинк», Россия). Количественная оценка выполнялась методом ПЦР в режиме реального времени с определением гена HER2/neu (набор Real-time-PCR-HER2/neu, ООО «БиоЛинк»).
Медианная концентрация ДНК в зависимости от срока хранения:
- 0–5 лет: 10,00 нг/мкл [IQR 2,70–10,00]
- 5–8 лет: 0,20 нг/мкл [IQR 0,20–0,40] (p=0,019631 vs группа 1)
- 8–10 лет: 0,20 нг/мкл [IQR 0,20–0,20] (p=0,000003 vs группа 1)
Статистически значимых различий между группами 5–8 и 8–10 лет не выявлено, что указывает на достижение «плато» деградации после 5-летнего рубежа.
При сравнении образцов со сроком хранения менее 5 лет vs более 5 лет концентрация ДНК снижается на 9,80 нг/мкл, что составляет 98% от исходного уровня (p 5 лет**, может потребоваться оптимизация протоколов выделения ДНК или применение методов, менее чувствительных к деградации нуклеиновых кислот.