Молекулярная патобиология Ph-негативных миелопролиферативных новообразований (МПН) оказалась существенно сложнее, чем предполагалось изначально. Сопутствующие соматические мутации не могут полностью объяснить первопричины заболевания и сохраняют высокую степень неопределенности индивидуального прогноза. С учетом вовлеченности эпигенетических механизмов нарушения экспрессии множества генов предпринимаются попытки поиска специфических изменений транскриптома кроветворных клеток при МПН. Вместе с тем результаты отдельных исследований часто не совпадают вследствие использования различных аналитических технологий, статистических подходов и небольших выборок пациентов.

Проведен биоинформационный метаанализ доступных баз данных первичных результатов исследований профиля РНК в CD34+-клетках методами микрочипирования у пациентов с МПН. Поиск исходных данных проводили в каталоге NCBI GEO. После отбора по ключевым словам «myeloproliferative neoplasm» выделены 3 независимые базы данных, совпадающие по аналитической платформе Affymetrix и типу биоматериала.

Процессинг проводили в интегрированной среде разработки RStudio с использованием пакета oligo. Нормализацию генной экспрессии осуществляли методом robust multiarray average (RMA). Анализ дифференциальной экспрессии генов в CD34+-клетках между группами пациентов проводили с использованием пакета limma. Для повышения надежности результатов метаанализ проводили с использованием комбинации методов Фишера и Стауфера, а в финальной фильтрации использовали процедуру Jackknife.

Результаты метаанализа позволили выделить 33 дифференциально экспрессированных гена, общих для всех МПН, а также специфические генные профили для отдельных нозологий:

• 7 генов — характерных для эссенциальной тромбоцитемии (ЭТ)
• 204 гена — характерных для истинной полицитемии (ИП)
• 1806 генов — характерных для первичного миелофиброза (ПМФ)

Уровень экспрессии гена PIM1 значимо различался в последовательности: контроль → эссенциальная тромбоцитемия → истинная полицитемия → первичный миелофиброз.

Функциональная аннотация подтверждает известные патогенетические механизмы заболевания:

• Нарушение репарации ДНК
• Нарушение апоптоза
• Изменение пролиферативной и функциональной активации клеток
• Развитие воспалительных процессов в костном мозге

Полученные данные свидетельствуют о многоуровневом характере взаимодействия внутриклеточных сигнальных путей и плейотропности регуляторных процессов канцерогенеза. В целом результаты соответствуют постулату биологического континуума W. Dameshek, предполагающего единый патогенетический механизм эволюции МПН.