Секреторная карцинома слюнной железы — редкая fusion-driven опухоль, в которой киназные слияния служат терапевтическими мишенями. Авторы представляют случай пациента с ETV6::RET-позитивной опухолью, достигшего полного ответа на ингибитор RET pralsetinib, с последующим развитием резистентности.
Исследовательское полнотранскриптомное секвенирование (whole-transcriptome sequencing, WTS) резистентного очага идентифицировало экспрессируемый in-frame транскрипт ETV6::RET, сохраняющий киназный домен RET. Поддержка на RNA-уровне была убедительной: 300 и 196 split reads в двух точках разрыва и три дискордантных mate pairs. Однако исследовательское полноэкзомное секвенирование (whole-exome sequencing, WES) обеспечило лишь ограниченное подтверждение на уровне ДНК.
Клинически одобренная таргетная DNA-панель (comprehensive genomic profiling) на материале того же очага детектировала сигналы перестройки в RET интрон 11 и ETV6 интрон 6, но не сообщила о действенном (actionable) ETV6::RET или точечной мутации RET p.L730V.
Под японской регуляторной схемой, действовавшей на момент рассмотрения selpercatinib, для назначения ингибитора RET при нелёгочных нетиреоидных солидных опухолях требовалось одобренное in vitro diagnostic (IVD) или медицинское устройство для подтверждения RET-слияния. Результаты исследовательского WTS не являлись одобренным компаньон-диагностическим результатом, а одобренный DNA-отчёт не установил действенной находки ETV6::RET. Вследствие этого selpercatinib не был назначен, несмотря на биологически обоснованную мишень.
Когда DNA-профилирование даёт неразрешённые сигналы перестройки, клинически валидированный RNA-основанный анализ слияний и соответствующие регуляторные рамки для выбора терапии могут улучшить доступ к таргетной терапии. Случай подчёркивает разрыв между исследовательскими возможностями и клинической практикой в редких fusion-driven опухолях.