Для изучения роли микробиома кишечника в риске колоректального рака (КРР) необходимы крупные проспективные когорты. Исследователи из Турина (Италия) оценили возможность использования остаточных образцов фекального иммунохимического теста (FIT) из программы скрининга КРР и провели одно из крупнейших популяционных исследований случай-контроль по всему спектру последовательности аденома-карцинома.
Из остаточных образцов стула FIT была выделена ДНК с последующим полногеномным shotgun-секвенированием. В исследование были включены пациенты с КРР (N=44), распространенными аденомами (N=269), ранними аденомами (N=134) и FIT-негативные контроли (N=478). Оценивались альфа-разнообразие, бета-разнообразие и относительная представленность видов, генов и метаболических путей. Для оценки ассоциаций этих показателей с колоректальными неоплазиями использовались многофакторные модели логистической регрессии.
Альфа-разнообразие преимущественно обратно ассоциировалось с колоректальными неоплазиями, особенно с ранними аденомами (OR: 0.45, 95% CI: 0.25–0.80; P=0.01).
Оральные патогены, включая Parvimonas micra, ассоциировались с повышенным риском КРР. Кроме того, Escherichia coli и Bacteroides fragilis показали сильные ассоциации с повышенным риском всех типов колоректальных неоплазий.
Несколько генов и метаболических путей также показали ассоциации с колоректальными неоплазиями.
Полученные результаты согласуются с данными меньших исследований микробиома кишечника и колоректальных неоплазий, подтверждая, что программы скрининга КРР предоставляют возможности для проспективного изучения ассоциаций микробиома кишечника с риском рака в крупных популяциях.